三江源国家级自然保护区总面积为15.23万平方千米，由相对完整的6个区域组成，占青海省总面积的21%，占三江源地区总面积的42%。涉及果洛藏族自治州玛多、玛沁、甘德、久治、班玛、达日6县，玉树藏族自治州称多、杂多、治多、曲麻莱、囊谦、玉树6县，海南藏族自治州的兴海、同德2县，黄南藏族自治州的泽库和河南2县，格尔木市代管的唐古拉山乡，共16县1市，行政区划共由70个乡镇组成。

　　主要保护对象为：高原湿地生态系统，重点是长江源区的各拉丹冬雪山群，尕恰迪如岗雪山群，岗钦雪山群，黄河流域的阿尼玛卿雪山，脱洛岗雪山和玛尼特雪山群，澜沧江流域的色的日冰川群；当曲，果宗木查，约古宗列，星宿海，楚玛尔河沿岸等主要沼泽；以及列入中国重要湿地名录的扎陵湖，鄂陵湖，玛多湖，黄河源区岗纳格玛错，依然错，多尔改错等湿地群。

　　野生动植物： 国家与青海省重点保护的藏羚、野牦牛、雪豹、藏野驴、黑颈鹤、岩羊、藏原羚、冬虫夏草；典型的高寒草甸与高山草原植被；青海（川西）云杉林，祁连（大果）圆柏林，山地圆柏疏林高原森林生态系统及高寒灌丛，冰缘植被，流石坡植被等特有植被以及兰科植物等珍稀和有经济价值的野生动植物物种及栖息地。

　　三江源自然保护区生态保护和建设，从生态环境保护建设、保护群众生产生活和促进地区经济发展三方面统筹考虑，确定以生态保护与建设、农牧民生产生活基础设施建设和生态保护支撑项目为主要内容。

　　生态保护与建设包括退牧还草、退耕还林、封山育林、黑土滩治理、沙漠化土地防治、重点湿地保护、森林草原防火、鼠害治理、水土保持等建设内容；农牧民生产生活基础设施建设包括生态移民工程、 小城镇建设工程、草地保护配套工程、人畜饮水工程；生态保护支撑项目包括人工增雨工程、科技支撑及生态监测、农牧民培训。